Navigation

Medical Data Scientist / Medizin-/Bioinformatiker (m/w/d)

Das Medizinische Zentrum für Informations- und Kommunikationstechnik (MIK), die zentrale IT-Serviceeinrichtung mit ca. 140 Mitarbeitern, eine der zentralen Einrichtungen im Universitätsklinikum Erlangen, erbringt umfassende Dienstleistungen für die 24 Kliniken, 19 Abteilungen und sieben Institute sowie deren verbundene Einrichtungen, die kaufmännische Verwaltung und die übrigen zentralen Einrichtungen. Das MIK ist unter anderem für die Konzeption und Umsetzung von IT-Anforderungen, die Bereitstellung einer an den Geschäftsprozessen des Klinikums orientierten IT-Infrastruktur und die Gewährleistung des umfassenden Informationsaustausches zwischen allen beteiligten Bereichen des Universitätsklinikums und der medizinischen Fakultät zuständig.


Der Lehrstuhl für Medizinische Informatik arbeitet an verschiedenen Projekten der angewandten Informationsverarbeitung – sowohl im Krankenhaus als auch institutionsübergreifend. Wir erweitern vorhandene klinische Informationssysteme mit wissensverarbeitenden Funktionen und strukturieren die anfallende Informationsflut mit dem Ziel der Konzeption und Etablierung innovativer IT-Infrastrukturen für die klinische Forschung und der Wiederverwendung von Daten aus der elektronischen Krankenakte für die medizinische Forschung.


Am Universitätsklinikum Erlangen wird im Rahmen des MIRACUM-Projekts (BMBF Medizininformatik- Initiative) gemeinsam mit dem Lehrstuhl für Medizinische Informatik ein Datenintegrationszentrum (DIZ) aufgebaut, welches Daten aus der Routineversorgung für die Forschung verfügbar macht. Ein besonderer Schwerpunkt liegt dabei auf der Sicherung der Datenqualität und der Verwendung internationaler Terminologien und Datenmodelle. In Verbindung mit diesem Datenintegrationszentrum etablieren wir auch eine Core Unit Bioinformatik / Datenintegration / Datenanalyse für die Medizinische Fakultät der FAU Erlangen-Nürnberg. Zur Mitarbeit in Projekten, die in diesem Umfeld die Datenerschließung, -harmonisierung, -integration und die darauf aufsetzende wissenschaftliche Analyse zum Ziel haben suchen wir eine(n)

Medical Data Scientist / Medizin-/Bioinformatiker (m/w/d)

Das Aufgabengebiet umfasst u. a.

  • Mitarbeit in Projekten zur Erschließung und Integration klinischer sowie molekularbiologischerDaten, z.B. in translationalen Forschungsplattformen wie i2b2, tranSMART oder cBio-Portal

  • Aufbau eines FAIRen Forschungsdatenmanagements

  • Entwicklung und Durchführung von Auswertungsskripten, die auf Datenrepositories des MIRACUM Konsortiums und den FHIR Servern in der Medizininformatik Initiative aufsetzen

  • Aufbau und Betrieb von NGS-Pipelines

  • Mitarbeit bei der Weiterentwicklung der cBioPortal-Anwendung und Ausrollen des MIRACUM-Anwendungsfalls „Molekulares Tumorboard“ an neue Standorte

  • Unterstützung bei der Weiterentwicklung der unterschiedlichen Softwarelösungen des Datenintegrationszentrums

  • Entwicklungsarbeiten zur Erstellung graphischer Benutzeroberflächen für verschiedene Anwendungsszenarien

  • Integration von Komponenten der Forschungs-IT und der Krankenhaus Versorgungs-IT auf der Basis von IHE; insbesondere zur Unterstützung sektorübergreifender Prozesse

Notwendige Qualifikation

  • Abgeschlossenes Hochschulstudium im Bereich der Medizinischen Informatik, Informatik, Bioinformatik oder vergleichbare Ausbildung

  • Offenes und kommunikatives „kundenorientiertes“ Auftreten

  • Sehr gute Organisationsfähigkeit und analytisches Denkvermögen

  • Praktische Programmiererfahrung, idealerweise auch in der Verarbeitung molekularbiologischer
Daten
  • Erfahrungen mit der Konzeption, dem Design und der Implementierung von Datenbanken und ETL-Prozessen

  • Wünschenswert sind Kenntnisse in den Programmiersprachen Java und R, sowie des Angular Frameworks

  • Wünschenswert sind Kenntnisse in moderner Softwareentwicklung und Erfahrungen mit
Containertechnologien und Continuous Integration.

  • Wünschenswert sind Kenntnisse von Prozessabläufen im klinischen Umfeld und Kenntnisse von medizinischen Terminologien.

  • Kenntnisse im Bereich der Mathematik/Statistik/Machine Learning

  • Gute Deutsch- und Englischkenntnisse

  • Hohe Motivation, Fähigkeit zu eigenständiger Problemlösung sowie Bereitschaft zu selbstständiger Einarbeitung in neue Aufgaben mit entsprechender Weiterbildung

Bemerkungen

Die Stelle ist vorerst befristet auf zwei Jahre, eine anschließende Fortführung bzw. Entfristung wird angestrebt.
Es handelt sich um eine Vollzeitstelle, Teilzeit ist nach Absprache möglich. Die Friedrich-Alexander-
Universität fördert die berufliche Gleichstellung der Frauen. Frauen werden deshalb ausdrücklich
aufgefordert, sich zu bewerben. Menschen mit Behinderungen sind uns willkommen und werdenbei gleicher Eignung und Qualifikation bevorzugt.


Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung. Bitte senden Sie diese mit aussagekräftigen Unterlagen bis spätestens
21.04.2021 per E-Mail an mailto:ulli.prokosch@uk-erlangen.de sowie martin.ross@fau.de.

Bewerbungsschluss
21.04.2021

Detailinformationen

Stellenbezeichnung
Medical Data Scientist / Medizin-/Bioinformatiker (m/w/d)
Besetzung zum
01.05.2021

Entgelt
TV-L (je nach Qualifikation und persönlichen Voraussetzungen)
Teilzeit / Vollzeit
Vollzeit
Befristung
2 Jahre

Kontaktperson für weitere Informationen
Prof. Dr. Hans-Ulrich Prokosch
Telefon: 09131/85-26721
E-Mail: hans-ulrich.prokosch@fau.de
Lehrstuhl für Medizinische Informatik
Wetterkreuz 15
91058 Erlangen-Tennenlohe Bayern
Übersicht

Für alle Stellenausschreibungen gilt: Die Friedrich-Alexander-Universität fördert die berufliche Gleichstellung der Frauen. Frauen werden deshalb ausdrücklich aufgefordert, sich zu bewerben.

Schwerbehinderte im Sinne des Schwerbehindertengesetzes werden bei gleicher fachlicher Qualifikation und persönlicher Eignung bevorzugt berücksichtigt, wenn die ausgeschriebene Stelle sich für Schwerbehinderte eignet. Details dazu finden Sie in der jeweiligen Ausschreibung unter dem Punkt "Bemerkungen".

Bei Wunsch der Bewerberin, des Bewerbers, kann die Gleichstellungsbeauftragte zum Bewerbungsgespräch hinzugezogen werden, ohne dass der Bewerberin, dem Bewerber dadurch Nachteile entstehen.

Ausgeschriebene Stellen sind grundsätzlich teilzeitfähig, es sei denn, im Ausschreibungstext erfolgt ein anderweitiger Hinweis.